近日,由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所、北京林业大学草业与草原学院联合开发构建的饲草基因组数据库平台(Forage genome database,简称FGGD)正式上线运行。
饲草产业是现代农业的重要组成部分。2023年中央一号文件提出“树立大食物观”,明确将饲草作为重要农业资源纳入多元化食物供给体系。饲草是畜牧业发展的“第一车间”,大力发展饲草产业,“以草换肉”“以草换奶”,是保障国家粮食安全的有效路径。我国每年优质饲草需求量约1亿吨,缺口约4000-5000万吨,高端优质饲草对外依存度高。培育国际一流的国产饲草品种是提升优质饲草自给率、保障畜产品供应的战略路径。
近年来,随着高通量测序技术的发展,饲草相关的多维组学数据不断积累,整合并储存这些信息对于加快饲草基因功能研究、解析饲草重要性状机制具有重要意义。但由于缺乏系统的饲草多组学数据分析平台,科研人员对数据的收集和分析费时费力,长期制约着饲草分子育种研究进程。因此,构建强大的饲草多组学数据库,是突破种源“卡脖子”问题、保障草种供给安全的重要基础。
FGGD主要包括饲用燕麦、紫花苜蓿等优质饲草的高质量基因组序列及其注释信息、基因组变异分布信息(SNPs)、转录组、蛋白质组和代谢组等海量数据。该数据库采用先进的网站架构,设计了基因组学、转录组学、变异组学、蛋白质组学、代谢组学和数据分析等六大核心功能模块,配备了丰富的交互式可视化工具,帮助用户从多组学层面解析复杂的基因调控网络并支持动态展示,为科研人员提供“一站式”数据查询与分析服务。
FGGD作为迄今为止最全面的饲草多组学数据库之一,秉持免费、开放、共享理念,旨在促进全球饲草基因组学研究的合作交流,加速优异基因挖掘与分子育种等领域科学发现和技术创新,为加快我国草种科技创新、推动饲草育种研究进入新阶段提供重要技术支撑。
FGGD数据库由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所康俊梅研究员、张铁军研究员,联合北京林业大学草业与草原学院盖云鹏副教授开发构建。该研究得到国家农业重大科技项目、中国农业科学院科技创新工程、中央级公益性科研院所基本科研业务费专项等项目的资助。
FGGD网站链接:http://omod.genehub.com.cn/#/home

图1 饲用燕麦多组学数据库主页

图2 饲用燕麦多组学数据分析核心功能模块
