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  • 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所(前身为中国农业科学院北京畜牧研究所,2006年更名)成立于1957年,隶属于农业农村部,是国家设立的中央级畜牧科研机构,是畜牧领域国家战略科技力量。
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  • 牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科,21个科技创新研究团队,其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。
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  • 牧医所现有在职职工232人,其中中国工程院院士2人,正高级专业技术职称人员75人,博士生导师77人,国家级人才项目入选者34人,已形成专业结构合理、创新能力突出、具有国内外学术影响力的人才队伍。
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  • 牧医所现有6个科技创新平台、6个科技支撑平台、3个科技服务平台和1个大型仪器设备共享平台;拥有各类科研试验基地10个,其中,自有试验基地4个,共建科研基地6个。
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  • 在国家农业科技创新联盟框架下,牧医所先后牵头成立了 国家奶业科技创新联盟 、国家畜牧科技创新联盟、 国家鸽业科技创新联盟。
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  • 研究生教育坚持立德树人的根本任务,以服务党和国家战略需求和提高研究生创新能力为导向,加快构建世界一流的高水平人才培养体系,培养肩负使命、追求卓越的高层次创新人才,为建设社会主义现代化强国、实现中华民族伟大复兴作出更大贡献。
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饲草育种与栽培团队利用机器学习算法准确预测紫花苜蓿秋眠性

来源:饲草育种与栽培创新团队 作者:龙瑞才 张帆 发布时间:2022-10-25

近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所饲草育种与栽培科技创新团队探索了机器学习算法在紫花苜蓿基因组预测中应用的可行性,构建了基于紫花苜蓿秋眠性状基因组的最佳预测模型,准确预测了紫花苜蓿秋眠性。相关研究成果发表在《园艺研究(Horticulture Research)》上(植物科学一区Top期刊)。

紫花苜蓿被誉为“牧草之王”,是草食动物的重要蛋白牧草。秋眠性是影响紫花苜蓿秋季再生性和产量的重要性状,对紫花苜蓿育种具有重要价值。为探索机器学习算法在紫花苜蓿基因组预测应用方面的可行性,该研究以全基因组关联分析鉴定到的分子标记为依据,利用候选SNP位点进行秋眠性表型预测,同时结合机器学习算法获得类似于基于表型选择的预测准确率。研究人员对ElasticNet、lasso、ridge regression、SVM linear 和 SVM poly 等5种预测模型进行了分析比较和交叉验证,发现SVM linear预测模型具有高准确率和最佳回归系数。进一步利用单株个体秋眠性表型预测品种内平均表型,结合单株个体秋眠性GWAS关联SNP标记和SVM linear模型进行平均表型预测,结果表明预测准确率可达64.1%。该研究为利用基因组预测方法开展紫花苜蓿分子育种提供了重要的理论依据。

图1:不同机器学习模型的预测准确率

中国农业科学院北京畜牧兽医研究所为该研究第一完成单位。张帆博士研究生为论文第一作者,杨青川研究员、华盛顿州立大学张志武教授为共同通讯作者。

该研究得到国家自然基金、国家牧草产业技术体系、内蒙古科技重大专项和国家公派留学等项目的资助。

原文链接:https://doi.org/10.1093/hr/uhac225





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