个人信息

蔡文涛，1991年11月，安徽来安人，博士，副研究员，硕士生导师。2013年获西北农林科技大学学士学位；2019年获中国农业大学博士学位；2017年-2019年在美国马里兰大学博士联合培养。2019年至今在中国农业科学院北京畜牧兽医研究所工作。主要从事畜禽畜禽遗传育种算法以及生物信息软件开发研究，现任水禽育种与营养创新团队骨干；入选北京市青年人才托举工程、中国农业科学院“青年创新专项”。

研究方向与成果

主要从事畜禽遗传育种算法开发与复杂性状遗传解析研究。围绕畜禽精准育种与智能化育种需求，自主研发了 Matrix Free 高效方差组分估计与遗传评估新算法 IASBLUP，创建了涵盖表型整理、遗传评估、选种选配等功能的 IASBreeding 智慧育种平台（https://iasbreeding.cn/）；提出“分子表型选育技术”，开发了分子表型育种平台 MPtools，为畜禽基因组育种和智能化育种应用提供了重要技术支撑。在复杂性状遗传解析方面，基于多组学联合信息，精准剖析遗传方差来源，并将重要先验信息引入基因组选择模型，有效提高了畜禽经济性状的选种准确性。在肉鸭育种方面，构建了白羽肉鸭基因组选择参考群，建立了系统化的肉鸭基因组选择技术体系；创新提出以单个标记独立真实方差替代传统 2p(1−p) 的新型 G 矩阵构建方法，进一步提升了肉鸭基因组选种准确性。近年来，以第一作者或通讯作者在 Genome Research、PLOS Genetics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、RNA Biology、Journal of Animal Science and Biotechnology 等期刊发表 SCI 论文 20 余篇，以第一发明人授权国家发明专利 4 件。入选北京市青年人才托举工程和中国农业科学院“青年创新专项”。

在研项目：

1. “十四五”国家重点研发计划“鸭鹅重要经济性状育种技术研究”课题负责人（编号：2023YFD1300301）2023.12-2028.11，主持

2. 中国农业科学院青年创新专项“基于分子表型优化肉鸭基因组选择的方法研究”（编号：Y2024QC09）2024.01-2026.12，主持

代表性论文和专利

1. Cai, W.^#, Cole, J. B., Goddard, M. E., Li, J., Zhang, S., & Song, J*, Mammary gland multi-omics data reveals new genetic insights into milk production traits in dairy cattle. Plos Genetics, 2025, 21(4), e1011675. (IF₂₀₂₅ = 3.7，Nature index )

2. Fang L.^#, Cai W.^#, Liu S.^#, Canela-Xandri O., Gao Y., Jiang J., Rawlik K., Li B., Schroeder S., Rosen B., Li C., Sonstegard T., Alexander L, Tassell C., VanRaden P., Cole J., Yu Y., Zhang S., Tenesa A., Ma L., Liu G., Comprehensive analyses of 723 transcriptomes enhance genetic and biological interpretations for complex traits in cattle. Genome Research, 2020, 30(5): 790-801. (IF₂₀₂₀= 9.6，Nature index)

3. Cai W.^#, Zhang Y., Xu L., Wang Y., Hu X., Li Q., Zhu L., Wang Z., Gao H., Xu L., Li J. *, Zhang L. *, A Cattle BodyMap of Transcriptome across 52 Tissues and 3 Developmental Stages Reveals New Genetic Insights into Beef Production Traits. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Accept (IF₂₀₂₅ = 7.9，JCR一区)

4. Cai W.^#, Hu J^#., Fan W., Xu Y., Tang J., Xie M., Zhang Y., Guo Z., Zhou Z., Hou S.*, Strategies to improve genomic predictions for 35 duck carcass traits in an F2 population. Journal of Animal Science and Biotechnology, 2023, 14(1): 74 (IF₂₀₂₃ = 6.3，JCR一区)

5. Cai W.^#, Zhang Y., Chang T., Wang Z., Zhu B., Chen Y., Gao X., Xu L., Zhang L., Gao H., Song J.*, Li J.*, The eQTL colocalization and transcriptome-wide association study identify potentially causal genes responsible for economic traits in Simmental beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, 2023, 14:78 (IF₂₀₂₃ = 6.3，JCR一区).

6. Cai W^#; Shi L^#; Cao M; Shen D; Li J; Zhang S*; Song J*; Pan-RNA editing analysis of the bovine genome, RNA Biology, 2021, 18(3): 368-381 (IF₂₀₂₁= 4.766，JCR二区)

7. Cai W.^#, Hu J., Fan W., Xu Y., Tang J., Xie M., Zhang Y., Guo Z., Zhou Z., Hou S.*, Genetic parameters and genomic prediction of growth and breast morphological traits in a crossbreed duck population. Evolutionary Applications, 2024, 17(2), e13638. (IF₂₀₂₃= 3.5,  JCR一区)

8. Cai W.^#, Zhu L., Han C., Wang M., Yang Q., Liu Z., Song J., Zhou Z., Hu J.*, Hou S.*, Optimizing Genomic Selection Strategies for Carcass Traits in Commercial Purebred Ducks. Poultry Science, 2025, 105332 (IF₂₀₂₅= 4.2,  JCR一区)

9. Cai W.^#, Han C., Zhu L., Wang M., Yang Q., Liu Z., Zhou Z., Hu J.*, Hou S.*, Genomic predictions for growth and feed efficiency traits in a duck breeding population. BMC Genomics, (2025) 26:894 (IF₂₀₂₅= 3.7,  JCR二区)

10. Cai W.^#, Hu J., Zhang Y., Guo Z., Zhou Z., Hou S.*, Cis-eQTLs in seven duck tissues identify novel candidate genes for growth and carcass traits. BMC Genomics, 2024, 25, 429 (IF₂₀₂₄= 3.5, JCR二区)

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