个人信息
孔思远
一、个人信息
孔思远，山东省曲阜市人，博士，研究员，研究生导师。现任猪遗传育种科技创新团队首席科学家，农业农村部种猪**育种技术重点实验室副主任，畜禽生物育种全国重点实验室青年英才。中国遗传学会三维基因组学专委会委员，中国畜牧兽医学会高级会员。入选所级青年英才计划，曾入选国家"博新人才计划"和深圳市优秀科技创新人才培养计划。主要从事家畜全产业链育种性状遗传机制解析（关键基因和互作调控元件高效挖掘）、前沿关键技术（分子育种、多维组学）创新、猪智能表型测定、基因组多维设计育种和新品种（系）培育。获中国国际高新技术成果交易会优秀科研成果创新奖、吴常信动物遗传育种优秀论文奖、全国动物遗传育种学术讨论会优秀论文奖、中国农业科学院优秀博士后、深圳市优秀博士后等多项荣誉。担任iMetaOmics执行副主编，JoVE (Journal of Visualized Experiments)客座主编，中国农业科学院、青岛农大、华中农大、广西大学、西北大学等多校研究生导师。
二、研究方向与成果
2012年获山东农业大学动物科学专业农学学士学位、英语专业文学学士学位；2015年获中国农业科学院动物遗传育种与繁殖专业农学硕士学位；2019年获中国农业科学院生物化学与分子生物学专业理学博士学位；2020年-2025年在中国农业科学院深圳农业基因组研究所（大鹏湾实验室）任研究助理、杰出博士后、特聘副研究员、创新团队骨干专家、党支部书记和Pre-PI课题组长。先后担任动物功能基因组学团队骨干专家、农业基因编辑技术研发与应用团队骨干专家、广东省基础与应用基础研究基金评审专家、深圳市食用农产品质量安全专业专家委员会专家、市科技创新局专家和科技特派员（科技援疆）。2025年至今在中国农业科学院北京畜牧兽医研究所（牧医所）工作。
2012年以来，主要从事前沿多维组学技术、分子育种技术开发、重要性状转录调控机制解析、肠道微生物宏基因组学应用与猪基因工程模型构建、新品种/新品系培育等工作。开发了in situ exo-Hi-C、GutHi-C、Motif-Hi-C 等多项前沿技术，在多维组学技术与农业动物多组学育种领域取得一系列突破性成果。以第一或通讯作者（含共同）在Nucleic Acids Research（2024, 2020），iMeta (2024)，aBiotech (2026)，Cell Biology and Toxicology (2019)等国际期刊发表文章18篇（总影响因子>80），授权专利8项。兼任Animal Research and One Health、Agriculture Communications、Advanced Biotechnology和中国畜禽种业、中国猪业等期刊青年编委。
主持国家自然科学基金青年项目、广东省自然科学基金面上项目、中国博士后科学基金面上项目等10项。先后荣获：中国国际高新技术成果交易会优秀科研成果创新奖（第一完成人，2025）；中国农业科学院“优秀教师团队”教师教学奖（2022-2023、 2024-2025）；中国农业科学院“四好”党员（2024）；优秀青年编委、突出贡献奖（《中国畜禽种业》（2024）、《Animal Research and One Health》（2023）；吴常信动物遗传育种优秀论文奖、全国动物遗传育种学术讨论会优秀论文特等奖（第一完成人，2015）。
三、在研项目：
1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所所级青年英才计划人才启动经费
2. 畜禽生物育种全国重点实验室青年英才项目（XQSWYZQZ-QNYC4）
3. 畜禽生物育种全国重点实验室重点开放课题（2024SKLAB6-112）
4. 中国农业科学院科技创新工程“猪遗传育种科技创新团队”（ASTIP-IAS02）
四、代表性论文和专利
1. 专利：基于邻近连接Motif序列的Hi-C数据质量快速评估方法Motif-Hi-C及应用（ZL202510413063.8，第一发明人）。
2. 专利：一种适用于微生物群体的宏基因组GutHi-C建库方法及应用（ZL202310901421.0，第一发明人）。
3. 专利：染色质构象捕获in situ eHi-C 3.0文库制备方法及应用（ZL202410455218.X，第一发明人）。
4. 专利：用于微量细胞的靶向染色质互作捕获ULI-eHiChIP建库方法及应用（ZL202410455129.5，第一发明人）
5. Yuxi Lu(#), Jinbao Yang(#), Chenying Li(#), Yunhan Tian, Rongrong Chang, Dashuai Kong, Shulin Yang, Yanfang Wang, Yubo Zhang, Xiusheng Zhu(*), Weihua Pan(*), Siyuan Kong(*). Efficient and easy-to-use capturing 3D metagenome interactions with GutHi-C. iMeta, 2024, e227（IF2024=23.8，JCR一区）开发畜禽3D宏基因组新技术GutHi-C，为畜禽肠道微生物（细菌、病毒）完整宏基因组组装和菌群结构高分辨率解析提供了有效方法。
6. Xiusheng Zhu(#), Qitong Huang(#), Lei Huang(#), Jing Luo(#),Qing Li, Dashuai Kong, Yi Gu, Xueyan Wang, Chenying Li, Biao Deng, Siyuan Kong(*), Yubo Zhang(*). MAE-seq refines regulatory elements across the genome. Nucleic Acids Research, 2024, 52(2):e9（IF2024=16.7，JCR一区）建立高通量、规模化、高精度调控元件挖掘新技术。
7. Dashuai Kong(#), Yuhui Wang(#), Yueting Tang, Yunhan Tian, Shulin Yang, Yanfang Wang, Yubo Zhang, Siyuan Kong(*), Motif-Hi-C: A motif-based framework for rapid quality control of Hi-C data, aBIOTECH, 2026 ,https://doi.org/10.1016/j.abiote.2026.100040（IF2026=8.5，JCR一区）开发Motif-Hi-C为基因组-多组学育种产生的海量数据快速质控提供了解决方案。
8. Yuhui Wang(#), Peiwen Gao(#), Chenying Li, Yuxi Lu, Yubo Zhang(*), Yu Zhou(*), Siyuan Kong(*). High-fidelity gut metagenome: A new insight of probiotics effects on gut microbiome. Journal of Integrative Agriculture, 2026, 25(4): 1330-1342（IF2026=5.7，JCR一区）借鉴基因组组装思路，总结提出宏基因组组装新方法。
9. Siyuan Kong(#), Qing Li(#), Gaolin Zhang(#), Qiujia Li, Qitong Huang, Lei Huang, Hui Zhang, Yinghua Huang, Yanling Peng, Baoming Qin, Yubo Zhang(*). Exonuclease combinations reduce noises in 3D genomics technologies. Nucleic Acids Research, 2020, 48(8): e44（IF2020=11.5，JCR一区）巧用外切酶组合，提出前沿三维基因组学技术降噪新策略。
10. 李晨莹(#), 孔大帅(#), …, 孔思远(*). 前沿组学技术创新助力畜禽生物育种[J]. 生物技术通报, 2025, 41(6): 71-86. 封面文章. 特邀综述。