国家昌平综合农业工程技术研究中心（畜禽分中心）位于北京市昌平区马池口镇，占地面积288亩，始建于1984年，是牧医所首个试验示范基地。

中心建有畜禽营养与饲养全国重点实验室、国家北京油鸡保种场、国家北京鸭保种场等各类试验场区，主要开展家禽养殖关键技术与育种新体系、猪全基因选择平台构建及育种应用、畜禽营养调控关键技术、反刍动物营养代谢与调控、牧草培育等方面的研究工作，形成了集“育繁调控、营养代谢、环境模拟、技术示范”为一体的综合性试验基地，是牧医所畜牧科技创新和产业技术推广的核心平台。 

中心充分保障了北京油鸡及北京鸭等保种工作，推动了畜禽良种国产化和市场化，对多项重大科研项目实施及突破起到了支撑作用，是我国畜牧行业科技创新和产业技术推广的核心平台。