全基因组选择是当前畜禽育种中主要选育技术,具有育种值估计准确性高、遗传进展快的优点,已应用于奶牛、生猪的品系选育中。用于鸡全基因选择的商业化芯片不仅价格昂贵,而且位点信息多来源于国外商业蛋鸡和肉鸡品种,不适用于国内品种使用。针对这一需求,鸡遗传育种团队开展了自主芯片设计,在对中外鸡种全基因组重测序的基础上,整合对重要经济性状功能基因的显著位点,研制出我国首款鸡55K 芯片,命名为IASCHICK。
该芯片具有三个特点。一是具有多品种通用性。对比筛选了我国代表性的地方鸡种、国内外高度选育商用鸡种的特征位点,并与国外600K芯片互相Imputation,确保位点信息的广谱性和有效性;二是具有经济性状的功能相关性。筛选了与饲料报酬、产肉率、脂代谢、肉品质、一般抗病力、繁殖等性状能基因显著的位点14K,大幅增加了芯片的实用性;三是位点分布均匀、通量适中。55K位点在全基因组均匀分布,保证了育种值估计的准确性;与600K芯片相比,通量适中,价格大幅降低,具有较高的性价比。
此款55K芯片不仅用于国内肉鸡、蛋鸡的育种,而且可用于地方品种资源的评价、功能基因鉴定等研究中,应用前景广阔。鸡遗传育种团队将全面开展芯片的应用效果评估,建立我国肉鸡全基因组选择的分析平台,为国产化肉鸡品种选育提供技术支撑。