牧医所积极开展国际学术交流与合作，选派访问学者进行国际交流与合作，接待来自世界30多个国家、地区和国际组织的专家学者开展学术交流，先后与美国、俄罗斯、澳大利亚、新西兰、欧盟、联合国粮农组织、国际原子能组织和国际家畜研究所等建立了良好的合作关系。“十一五”以来，共承担国际合作项目120多项。
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牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，21个科技创新研究团队，其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。