牧医所积极促进科研成果转化，为畜牧企业提供技术服务和支持。先后与多家企业开展了Z型北京鸭、黄羽肉鸡、“中苜”系列苜蓿以及优质乳工程等方面的科技合作，促进成果转化与产业发展。在国家农业科技创新联盟框架下，牧医所相继成立了畜牧、奶业、鸽业三个国家科技创新联盟，聚合全国畜牧业科研机构、院校、企业等单位及专家开展科技协同创新，为科技成果转化搭建桥梁，推动现代畜牧业健康稳步发展。
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牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，21个科技创新研究团队，其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。