建所以来，牧医所先后承担各类项目课题近千项，累计取得国家级奖励成果32项（第一主持单位25项）、省部级科技创新成果176项，获审定动植物新品种48项，饲料添加剂等新产品证书9个，国家专利授权1000余项，其中发明专利700余项；发表学术论文6600余篇，其中SCI论文2800余篇；出版著作430余部。（截至2024年底，2025年5月更新）
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牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，21个科技创新研究团队，其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。