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牧医所猪基因组近交系数评估取得新进展

发布时间:2020-05-07    来源:猪遗传育种创新团队    作者:赵福平

  近日,牧医所猪遗传育种创新团队在猪基因组近交系数评估上取得新进展,为猪的育种保种工作和避免实际育种中的近亲交配提供了参考依据。

  据介绍,连续纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的,基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数,它比传统系谱计算的期望近交系数更加准确,而且不再依赖于系谱记录的准确性和完整性,能准确地反映两个配子间的关系。

  研究针对2569个大白猪共检查到176182个ROH,其中ROH数目最多的染色体为6号,最少的为12号,而覆盖率最高为14号,最低的为13号。研究进一步发现,检测到的ROH并非均匀分布在基因组上,通过ROH计算的平均基因组近交系数为0.14,而系谱为0.011,两者的相关系数为0.35,并在ROH富集的基因组区段注释到与大白猪繁殖性状、肌肉发育和脂肪沉积相关的基因,如: SIRT1 、 MYPN 、 SETDB1 和 PSMD4 ,为鉴定候选基因提供了有效的方法。

  研究成果已发表在农林科学1区和奶制品与动物科学1区的《Journal of Animal Science and Biotechnology》上。本文的第一作者为史良玉博士研究生和王立刚副研究员,通讯作者为王立贤研究员和赵福平副研究员。该研究得到国家自然科学基金项目(No.31572357)和生猪现代产业技术体系(CARS-35)支持。

  原文链接:https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-020-00447-0

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